El Hospital Militar dependencia de las Fuerzas Armadas de Honduras,nace  el 21 de octubre de 1989 adscrita a la Fuerza Ejercito en las instalaciones del área occidental del Primer Batallón de Infantería con domicilio en el Ocotal F.M.  En ese entonces se  ofrecía atención médica ambulatoria y en los casos que se requería la hospitalización del paciente se remitía a hospitales privados. Con quienes se tenía contratación de servicios médicos hospitalarios. Siendo  comandante en Jefe General de División  Humberto Regalado Hernández  y el Director de Sanidad Militar  Coronel de Sanidad José Arnaldo Guillen.

Es a partir de  1992 que se organiza el Hospital Militar mediante acuerdo  O.M.        N-009  por decisión del Señor Comandante  en jefe,General de División Luis Alonso Discua Elvir, estructurando la unidad de Sanidad Militar , nombrando como Director  al Coronel de Sanidad Rolando Machado y a la vez como autoridad del Hospital Militar junto con el Teniente Coronel de Sanidad Tristán Martínez Martínez.

Se inician en ese año las obras de infraestructura básica, como son  la construcción de habitaciones individuales divididas en  sala de emergencia, creándose el Modulo de Consulta Externa donde  era el Club de Tropa del Primer Batallón  y una sala de diagnostico.

En los años sucesivos se vio la necesidad de atención en Maternidad y Pediátrica, es así que con la ayuda de la Asociación de Esposas de Oficiales dirigidas por Doña Linda de Discua   se construye  el Modulo Materno Infantil, equipado con aparatos modernos y con su  propio    quirófano, considerado en su tiempo  el mejor del país, en atención al binomio madre e hijo y por ultimo se acondicionaron los quirófanos  y salas de recuperación. Inaugurándose el el Hospital Militar el 10 de agosto del 1992. Pero fue mediante acuerdo e. m. h. # 102 de 1994queda creado como Hospital Militar Central. 

En 1994 se crea   el Modulo de Medicina Física y Rehabilitación, para lograr la recuperación integral del paciente con limitación física, en el área donde estaba la guardia del Primer Batallón, al igual que se estructuro el Modulo Santa Clara y dos Suit  con la  colaboración de  doña Yolanda de Hung Pacheco.

Anexo al área de emergencia, y a raíz de un accidente automovilístico de un oficial de la naval que sufrió un trauma encéfalo craneal , se habilito la Unidad de Cuidados Intensivos (UCI).,razón que motivo al entonces Comandante en Jefe para construir y equipar a UCI convirtiéndose al estar integrado todos sus componentes en un Hospital de Tercer Nivel.

1998 se realizaron  cambios  estructurales  completos de emergencia, integrando el área  de  Imágenes y Radiología convirtiéndose en el Modulo de Emergencia e Imágenes Radiológicas

Por otra parte con el fin de  adquirir fondos para que funcione este Centro Asistencial, en  1998., a los 24 días del mes de marzo, el Congreso Nacional de la  República, mediante decreto # 79-98 otorga la facultad a la Dirección del Hospital Militar de poder celebrar de conformidad con la ley  contratos de colaboración con el Gobierno Central, Instituciones Descentralizadas y Corporaciones Municipales.  Con el fin de prestar Servicios Médicos y Hospitalarios  remunerados a los Servidores  Públicos  y Municipales que colaboran en ellas, así como a otras personas particulares incluyendo casos de humanidad o calamidad pública.

1999 en julio toma posesión de la Dirección el Cnel. de Artillería DEM  Isaías Castillo Braun, 
2000  en enero recibe el Capitán de Sanidad  Juan Ramón Barahona 
2000 en febrero entra como Director el Cnel. de Infantería DEM Carlos Pedro Montañola , se inician los tramites de la construcción de la Clínica Regional del Norte, en San Pedro Sula ubicada atrás de la 105 Brigada de Infantería.

2001 Cnel. De sanidad Francisco Reyes Mayes
En junio entra a dirigir este Centro Asistencial Cnel Mario David Villanueva y para dar  cumplimiento   a las metas planteadas durante su gestión del julio del 2001 a  2004  junto con  el Sub Director Doctor Octavio Vásquez  dirigió la construcción de la Clínica Regional del norte, proyecto que inicio el 2001 y inaugurándose  en febrero del 2002, de esta forma se logra con el objetivo de ampliar los servicios de la zona Nor-Occidental del país.

Asimismo en   el  2003 se  inauguro el 12 de septiembre tres habitaciones   acondicionadas especialmente para niños en el área de emergencia  y un Parque Infantil  en el área  verde de Consulta Externa, en la misma gestión del Cnel. Villanueva  se remodelo el Modulo Consulta Externa  y  se mejoraron las diferentes aéreas de este Centro Hospitalario. Dentro de las mejoras tenemos la Automatización de Administración, del alumbrado Público de acceso al Hospital Militar, se adquirió nuevos equipos para  Laboratorio, Emergencia UCI, Modulo Materno Infantil., se  identifico al personal con carnet  y se uniformo

El Cnel. de Artillería Roque Jacinto Arias Závala  asume el cargo en el 2004,  por su parte realizo una reingeniería  de personal y  de equipo medico con el fin de  poder ofrecer una mejor respuesta, en cuanto a la  salud del personal que conforma las Fuerzas Armadas y toda la población que requiera nuestros  servicios de salud.
En octubre del 2004  asume el cargo el Coronel de Infantería  Francisco Javier Guevara Rodas entre sus logros tenemos, la  Construcción  del Hospital Regional del Norte en San Pedro Sula, en donde estaba ubica la Clínica Regional del Norte, al mismo tiempo   se inicia la construcción del edificio nuevo de Consulta Externa del Hospital Militar Central. En  su administración  se adquiere  un carro Toyota Hilux Picok asignado a la Dirección  y dos Ambulancias donadas por el gobierno de Taiwán, de las cuales una es trasladada al Hospital Regional del Norte.

En 2007 toma posesión el Coronel Amílcar Hernández Flores quien continua levantando la obra anteriormente mencionadas, igualmente continua en el 2008 el Coronel Oscar Alfredo Flores Barahona en el mismo año,  a quien le toca inaugurar el Hospital Militar Regional del Norte, e inicia  una remodelación completa del área de emergencia del hospital central  acorde con las nuevas necesidades.

En marzo 2009  asume el cargo el Coronel de Caballería y Lic. en CC.MM Don Ismael Rolando Rodríguez Meraz, este termina la remodelación y acondicionamiento del área de emergencia y la construcción del nuevo edificio del Consulta Ambulatoria, el que se tiene contemplado su  inauguración  en  julio del 2010. Y dentro de su plan de gobierno se reinauguro la capilla que fue remodelada y acondicionada con fondos propios. De igual manera se ha ido modernizando el equipo medico y en su gestión se  adquieren un bus para el transporte del personal auxiliar y dos ambulancias de combate.
También se compró dos microbuses de 15 pasajeros, del cual uno de ellos fue asignado al Hospital Regional del norte.
En el 2010  este centro asistencial implemento el sistema de sonido ambiental  y adquirió una nueva planta telefónica junto con el servicio de PBX  para ofrecer una mejor atención a nuestros pacientes en el logro de una comunicación eficaz.
En el mes de mayo se construye una nueva área de lavandería y una nueva morgue.

El 1 de octubre del 2010, se  inauguró el nuevo edificio de tres plantas de la Consulta Ambulatoria y  hospitalización, con su equipo moderno, con cuartos acondicionados de manera tal que el paciente este en un ambiente de comfort. 
Actualmente en el 2011 en la administración del Coronel Edilberto Enrique Ortiz Canales se acondiciona y remodela el área de la sala c, para hospitalización de pediatría, la cual se pondrá a funcionar a finales  mes de marzo. También se instala en este mes marzo la torre de endoscopia y colonoscopia. Asimismo se esta trabajando para poner a funcionar el tercer piso donde están las suit presidencial y ejecutiva.